細菌から甲虫に至るまで、土壌生物は地下社会を形成し、 有機物を分解して、窒素と鉱物由来の元素が豊富な有機副産物と 代謝物を生み出している。 土壌生物は植物の自己防衛能力にも影響している。 昆虫や草食動物が草を食べると、ある種の植物は、根圏に棲む微生物が代謝によって 作り出した物質を発散する。それから、植物は微生物の代謝物を使って草食動物を 追い払う。